Năm 1549, Mạc Chính Trung chạy sang Trung Quốc, kể tội đại thần Nguyễn Kính chuyên quyền, đuổi người thừa kế ngôi vị là Chính Trung. Nhà Minh ngờ vực Mạc Tuyên Tông không phải dòng dõi Mạc Thái Tổ nên sai sứ đưa thư sang hỏi.

Lê Bá Ly cùng Mạc Kính Điển hộ vệ Mạc Tuyên Tông lên ải Trấn Nam gặp sứ nhà Minh. Lê Bá Ly được lệnh làm tờ biện bạch và cam kết không nói dối; đồng thời xin được chiếu theo lệ cũ để nhận phong như các đời trước. Quan nhà Minh tại Lưỡng Quảng chấp thuận công nhận Mạc Tuyên Tông[1].

Sau lần hội khám biên giới trở về, Lê Bá Ly được thăng lên chức thái tể.